Tijela sindikata
Veliko vijeće
Veliko vijeće središnje je političko i najviše tijelo Sindikata između dvaju saziva Sabora, u kojem razdoblju zamjenjuje Sabor i preuzima njegovu ulogu u dijelu ovlaštenja.
Malo vijeće
Malo vijeće Sindikata je izvršno-političko tijelo Velikog vijeća i Sabora. Malo vijeće ima devet članova, od kojih su predsjednik Velikog vijeća i predsjednik Sindikata članovi po funkciji, a ostalih sedam izabire Veliko vijeće iz svojih redova.
Upravno vijeće
Upravno vijeće Sindikata je izvršno tijelo Velikog vijeća zaduženo prvenstveno za financijsku i poslovnu politiku Sindikata.
Senat Sindikata
Senat je raspravno tijelo čija je uloga savjetodavnog karaktera u pitanjima iz djelokruga rada Sindikata u okviru statutarnih ciljeva i načela te sindikalnih i demokratskih vrijednosti. U sindikalno-političkom smislu Senat se bavi relevantnim društvenim temama u kontekstu sindikalne politike, a osobito temama koje su relevantne za položaj znanosti i visokog obrazovanja.
Časni sud
Časni sud Sindikata ocjenjuje je li odluka nekoga tijela Sindikata u skladu sa Statutom; rješava sporove oko ovlasti pojedinih tijela; odlučuje o žalbama članova, podružnica, povjernika i viših tijela Sindikata i njihovih članova te vodi mirenja i rješava sporove između pojedinih tijela Sindikata na nacionalnoj razini.
Nadzorno vijeće
Nadzorno vijeće brine se, odnosno daje mišljenje o zakonitosti poslovanja u Sindikatu; o poštivanju Statuta, pravilnika, odluka Sabora i odluka drugih tijela Sindikata; o racionalnoj financijskoj politici i poštivanju načela financijskoga poslovanja u Sindikatu; obavlja nadzor nad radom računovodstva Sindikata.
Regionalna vijeća
Sve podružnice obvezatno se povezuju na teritorijalnom principu u četiri regionalna vijeća: zagrebačko, splitsko, riječko i osječko. Regionalna vijeća bave se specifičnim sindikalnim pitanjima u svojoj regiji, samostalno iniciraju aktivnosti korisne za članstvo svoje regije, sastaju se radi informiranja o djelovanju i stavovima nacionalnih organa Sindikata te raspravljaju i daju mišljenja o pitanjima od zajedničkoga interesa svih članova Sindikata.
Tajništvo Sindikata
Tajništvo Sindikata je izvršno i upravljačko tijelo Sindikata, čine ga sve osobe u profesionalnom i stručnom pogonu Sindikata. Tajništvom upravlja glavni tajnik koji ravna Sindikatom u organizacijskom i upravljačkom smislu.
